El Archipiélago hace parte de la región del Caribe, está situado al noroeste de Colombia, a 800Km. de Cartagena (Colombia)  y a 290Km. de Nicaragua Centroamérica), entre los paralelos 12º y 16º Latitud Norte y los meridianos 78º y 82º Longitud Oeste de Greenwich. Está conformado por tres Islas Mayores y un grupo de Islas Menores, atolones y bancos coralinos que en total tienen un área terrestre total de 57 Km2 y un área marina de 349.800 Km2, que equivale aproximadamente al 10% del área total del Caribe, cuenta con uno de los arrecifes de barrera más extensos del hemisferio occidental y es uno de los sistemas arrecifales más grandes y productivos del Océano Atlántico y del país.

El Archipiélago cuenta con dos arrecifes de barrera, antepuestos a las Islas principales (San Andrés y Providencia), cinco atolones verdaderos (Albuquerque, Courtown o Bolívar, Serrana, Roncador y Queena Reef o Quitasueño y algunos bancos coralinos (Serranilla, Bajo Nuevo y Alice Shoal o Bajo Alicia).
En ellos se encuentran diferentes especies de fauna y flora, como: esponjas, hidrocorales, corales duros y blandos, moluscos, peces, reptiles, algas, mamíferos marinos y aves, entre otros