El clima del Archipiélago es cálido y húmedo, con dos estaciones: una seca entre enero y abril, y una lluviosa, entre octubre y diciembre.  El promedio anual de lluvia es 1.912mm.  El promedio de la temperatura  del aire es 27º C / 80º F con valores máximos y mínimos extremos de 33º C y 17º C.
Los niveles de humedad son muy altos, con una media del 80%.  Los vientos alisios tienden a soplar desde el NE.  Las Islas se encuentran el la zona de paso de huracanes y tormentas tropicales, que se presentan especialmente entre agosto y noviembre.